Née à Fribourg, Marie-Claude Chappuis étudie le chant dans sa ville natale auprès de Tiny Westendorp puis au Mozarteum de Salzbourg dans la classe de Breda Zakotnik avant de se perfectionner auprès de Margreet Honig à Amsterdam.
De 1999 à 2003, elle fait partie de la troupe du Landestheater d'Innsbruck que dirige Brigitte Fassbaender, puis se produit notamment au Staatsoper de Berlin, à Aix-en-Provence, à la Monnaie de Bruxelles, au Theater an der Wien de Vienne, au Teatro Real de Madrid, au Grand Théâtre de Genève, à l'opéra de Zurich et dans le monde entier. Elle chante régulièrement sous la direction de grands chefs d'orchestre tels que Giovanni Antonini, John Nelson, Sir Roger Norrington, René Jacobs, Riccardo Chailly, Nikolaus Harnoncourt, Charles Dutoit, Sir Colin Davis sur les scènes prestigieuses que sont la Philharmonie de Berlin, le Gewandhaus de Leipzig, le Concertgebouw d’Amsterdam, la Tonhalle de Zurich ainsi qu'aux Festivals d'Aix-en-Provence, à la Styriarte, au Festival d’Innsbruck, de Salzbourg et d’Edimbourg. A l’opéra, elle a incarné plus de trente rôles et interprète les parties d’alto ou de mezzo dans les oratorios de Bach, Haendel, Mozart, Telemann, Scarlatti, Pergolesi et Elgar.
Elle a participé à de nombreuses productions discographiques.
Passionnée par le Lied et la Mélodie française, Marie-Claude Chappuis donne régulièrement des récitals accompagnée par Breda Zakotnik, Cédric Pescia ou Michael Gees. Elle a fondé le « Festival du Lied » à Fribourg en 2001.
